1969年4月1日至24日，中国共产党第九次全国代表大会在北京举行。出席大会的代表共1512人。当时，各省、市、自治区党委以至基层党组织大都没有恢复，2200万党员绝大多数还没有恢复组织生活。与会代表当中的许多人都不是通过正常选举程序产生的，他们或由革命委员会与各造反派组织负责人协商决定，或直接由上级部门指定。大会预备期间，毛泽东提出要总结经验，落实政策，准备打仗。这三句话成为九大的指导思想。

九大共有三项议程：通过中央政治报告，修改党章，选举中央委员会。毛泽东主持开幕式并致开幕词。按照会前的酝酿，毛泽东当选为九大主席团主席，林彪当选为副主席，周恩来为秘书长。在第一次全体会议上，林彪代表党中央宣读政治报告。

会议经过无记名投票，选出中央委员170名，候补中央委员109名。

4月28日，毛泽东主持召开九届一中全会，选出新的中央领导机构：中央委员会主席毛泽东，副主席林彪。中央政治局常委会由5人组成：毛泽东，林彪，（以下按姓氏笔画为序）陈伯达、周恩来、康生。中央政治局委员21人：毛泽东，林彪，（以下按姓氏笔画为序）叶群、叶剑英、刘伯承、江青、朱德、许世友、陈伯达、陈锡联、李先念、李作鹏、吴法宪、张春桥、邱会作、周恩来、姚文元、康生、黄永胜、董必武、谢富治。中央政治局候补委员4人：纪登奎、李雪峰、李德生、汪东兴。

九大在思想上、政治上、组织上的指导方针都是错误的，在党的历史上没有任何积极作用。