大会的主题是：高举邓小平理论伟大旗帜，全面贯彻“三个代表”重要思想，继往开来，与时俱进，全面建设小康社会，加快推进社会主义现代化，为开创中国特色社会主义事业新局面而奋斗。会上，江泽民同志代表第十五届中央委员会作题为《全面建设小康社会，开创中国特色社会主义事业新局面》的报告，科学阐述了“三个代表”重要思想的时代背景、历史地位、精神实质和指导意义，进一步阐明了贯彻“三个代表”重要思想的根本要求，反映了当代世界和中国的发展变化对党和国家工作的新要求，是加强和改进党的建设、推进我国社会主义自我完善和发展的强大理论武器，是全党集体智慧的结晶，是党必须长期坚持的指导思想。报告还从四个方面提出了在新世纪新阶段全面建设小康社会的目标，通过了《全面建设小康社会，开创中国特色社会主义事业新局面》报告的决议和关于中央纪律检查委员会工作报告的决议。十六大通过了《中国共产党章程（修正案）》，把“三个代表”重要思想同马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论一道，作为党必须长期坚持的指导思想写入党章，将“三个代表”重要思想确立为党的指导思想，是十六大的一个历史性决策和贡献，具有划时代的意义。    

此外，十六大修改后的党章，将党的性质进一步表述为：中国共产党是中国工人阶级的先锋队，同时是中国人民和中华民族的先锋队，是中国特色社会主义事业的领导核心，代表中国先进生产力的发展要求，代表中国先进文化的前进方向，代表中国最广大人民的根本利益。党的最高理想和最终目标是实现共产主义。这样表述党的性质，切合党的历史发展和现实状况，符合时代要求，有利于党始终坚持工人阶级先锋队的性质，增强党的阶级基础，有利于拓展党的工作的覆盖面，扩大党的群众基础，有利于全党同志更加深刻地认识和落实党所肩负的历史责任，团结和带领全国各族人民万众一心地建设中国特色社会主义。

党的十六大高举邓小平理论伟大旗帜，全面贯彻“三个代表”重要思想，制定了全面建设小康社会的宏伟纲领，这个目标对于凝聚全党和全国各族人民的力量，加快推进社会主义现代化，同样具有十分重要的意义。另外，大会让一批德才兼备、年富力强的领导干部进入新一届中央委员会，也充分反映了党的兴旺发达，后继有人。

党的十六大，是中国共产党在新世纪召开的第一次全国代表大会，也是在我国进入全面建设小康社会、加快推进社会主义现代化的新的发展阶段召开的一次十分重要的代表大会。